关于本病的治疗尚有争议。须根据病人的年龄、症状、生育要求和病情程度具体考虑。

1.药物治疗 多用于轻度的子宫内膜异位症的病人，临床多用达那唑(丹那唑)400～800mg/d，甲羟孕酮(安宫黄体酮)10～20mg/d，或连续服用4～6个月的避孕药再继之以周期性用药，以防止异位的子宫内膜增生。但药物治疗的副作用较多，文献报道达80%。达那唑(丹那唑)的副作用是体重增加、水潴留、疲劳、乳房缩小、痤疮、皮肤呈油性、潮热、肌肉痉挛和情绪不稳定。持续口服避孕药后病人常有水肿、体重增加、乳房压痛、黄褐斑和不规则出血。持续孕激素治疗可引起乳房压痛、水肿、抑郁和不规则出血。口服避孕药和孕激素引起出血时，可在出血期间加用口服炔雌醇(乙炔雌二醇)20µg，通常可控制不规则出血。

2.手术治疗 中度和重度病例的最有效治疗方法是尽可能彻底地切除异位的子宫内膜而同时保留生育能力(所谓的保守疗法)。应特别注意防止手术后形成粘连。手术切除对不育症的治疗成功与否与病变的严重程度有直接关系。中度病人手术后60%可怀孕，而重度病人则只有35%。愈来愈多的人主张在保守手术治疗前用丹那唑2～3个月。关于手术后用药物进行抑制治疗目前尚有争议，但重症病人手术后立即用药物治疗3～6个月看来或有所助益。如果术后2年尚未能怀孕，则以后发生怀孕的机会很小。再次手术或手术切除复发的子宫内膜异位症后是不太可能怀孕的。如有症状的病人不愿怀孕，则可施行根治手术，包括子宫切除和两侧输卵管-卵巢切除术，如能切除全部子宫内膜并确认病情复发的危险生很小，则可考虑保留一侧无病变的卵巢口。随着内镜设备和技术的进步和微创外科的迅猛发展，诊断和治疗性腹腔镜在临床上的应用将越来越广泛。